Khoa Kiểm soát bệnh tật và HIV/AIDS là khoa chuyên môn chịu sự lãnh đạo trực tiếp của Ban Giám đốc TTYT. Khoa Kiểm soát dịch bệnh và HIV/AIDS có chức năng quản lý và tham mưu cho Ban Giám đốc TTYT về toàn bộ công tác của hoạt động chuyên môn của khoa theo quy định.